Pada tahun 1950, Fakultas Geografi UGM awalnya merupakan salah satu jurusan pada Fakultas Sasta, Pedagogik dan Filsafat UGM, yaitu Jurusan Ilmu Bumi. Pada tahun 1956 Fakultas ini diubah menjadi Fakultas Sastra dan Kebudayaan UGM. Waktu itu Jurusan Ilmu Bumi. Berkembang dengan pesat. Peran pakar Ilmu Bumi semakin nyata dalam pembangunan dan semakin luas kiprahnya, hingga akhirnya Fakultas Sastra dan Kebudayaan UGM merelakan Jurusan Ilmu Bumi berubah menjadi Fakultas Geografi UGM (1 September 1963 dan seterusnya diperingati sebagai lahirnya fakultas ini). Pada saat dibuka, fakultas ini memiliki dua jurusan (Prodi), yaitu Jurusan Geografi Fisik dan Jurusan Geografi Manusia.
Dalam perkembangannya, Fakultas ini kemudian ditetapkan mempunyai 3 jurusan dengan 7 Program Studi (Prodi), yakni:
- Jurusan Geografi Fisik memiliki Prodi Geomorfologi dan Sumberdaya Lahan, dan Prodi Hidrologi.
- Jurusan Geografi Manusia memiliki Prodi Kependudukan dan Tenaga Kerja, dan Prodi Permukiman dan Sumberdaya.
- Jurusan Geografi Teknik memiliki Prodi Kartografi dan Penginderaan Jauh.
- Prodi Perencanaan Pengembangan Wilayah dan Transmigrasi yang dikelola secara bersama di bawah kendali Dekan.
Kemudian, pada tahun 1991 mengalami penyempurnaan nama jurusan dan program studi, yakni:
- Jurusan Geografi Fisik mengasuh Prodi Geografi Fisik.
- Jurusan Geografi Manusia mengasuh Prodi Geografi Manusia
- Jurusan Kartografi dan Penginderaan Jauh, dan
- Jurusan Perencanaan Pengembangan Wilayah.
Sejak keluarnya SK Mediknas No 1/2006 yang memberi kewenangan UGM untuk membuka dan menutup prodi, maka fakultas membenahi diri dengan melakukan efisiensi yang mengacu pada perkembangan keilmuan dan tuntutan masyarakat. Mulai tahun 2007 Fakultas Geografi UGM menyelenggarakan 3 Prodi pada jenjang sarjana (S1) yakni 1) Prodi Geografi dan Ilmu Lingkungan, 2) Prodi Kartografi dan Penginderaan Jauh, dan 3) Prodi Pembangunan Wilayah.